In de Grote Kerk bezat de stadhouderlijke familie reeds begin 17e eeuw een gestoelte. Het stond naar alle waarschijnlijkheid met de rug tegen de zuidmuur van het koor, de scheidsmuur tussen sacristie en koor. Het was een niet verhoogde zitplaats en de stadhouder moest naar links kijken om de predikant te kunnen zien. In 1695 liet stadhouder Hendrik Casimir II vanwege"de swakheit van sijn lichaem"een nieuw gestoelte plaatsen van een andere vorm zodanig "dat het gesigte dat nu noordwaerts is, meer westwaerts aen en dat in de hooghte mach komen".
De nieuwe kraak kreeg de vorm die sedert de reconstructie in 1972/77 weer te herkennen is. Het is wel aardig om te lezen hoe in 1785 een bezoeker deze stadhouderskraak beschreef. (Tegenwoordige Staat van Friesland) Hij deed dit de kerk binnenkomende door het Oranjepoortje. Deze ingang werd indertijd gemaakt ten behoeve van de stadhouder.
"…. Aan de linkerhand in het Choor, is een trap,opgaande langs een kraak, (zynde de zitplaats der Edellieden,Kamerheeren en Pages) naar het gestoelte van den Stadhouder. Hetzelve is door een deur afgescheiden van de kraak, en overdekt met een konstig gesneeden kap, in ’t geheel fraai met lofwerk afgemaakt". Aan zijn linkerhand (tegen de oostmuur van de zuidbeuk) had de stadhouder de "Heeren Raaden van den Hove Provinciaal"als buren. Wie heeft nu deze kraak vervaardigd??
Op 14 januari 1698 werd 2365 Carolusguldens betaalt aan "Joucke Jouckes Mr. Kistemaker wegens ´t maeken van ’t gestoelte van Zijne Forstelyke Doorlugtigheit den here erffstadthouder in de Jacobijnerkerk".
De huidige directeur van het Fries Scheepvaartmuseum, Sytse ten Hoeve, veronderstelt dat Jouke Joukes wel de kraak maar niet het fraaie snijwerk vervaardigd heeft. Hij zou dat hebben laten maken door Pieter Nauta, een Leeuwarder beeld- en houtsnijder die wel vaker voor derden werkte. (zie ook een artikel in de Vrije Fries 1971) Het snijwerk van de stadhouderskraak is namelijk verwant aan ander werk van Nauta.
Tijdens de grote omwenteling in 1795 bleef het stadhouderlijk gestoelte, in tegenstelling tot de stadhouderlijke grafruimte, gespaard . Voortaan zaten de burgerofficieren op deze plaats. In 1813 werd het ter beschikking gesteld aan koning Willem I en kreeg het de naam Koningsstoel. Toen koning Willem I in 1818 Leeuwarden bezocht en een kerkdienst in de Grote Kerk bijwoonde zat hij dan ook op de plaats waar eens zijn grootouders zaten.
Het gestoelte was voor deze bijzondere gelegenheid gestoffeerd met een tapijt op de vloer en een roodfluwelen kleed over de lessenaar. Ook de drie stoelen waren met deze stof bekleed.
Tijdens de grote verbouwing van 1842/’43 is het stadhouderlijk gestoelte van zijn plaats gehaald en herplaatst aan de voorzijde van een nieuwe kraak die over de gehele breedte van het koor was gebouwd. Dat ging niet zonder slag of stoot. President Kerkvoogd Mr. Jacob Dirks moest daarvoor langdurige onderhandelingen voeren met vertegenwoordigers van het hof. Het ‘nieuwe’ gestoelte kreeg een uitneembare achterwand die alleen geplaatst werd als iemand van het Koninklijk Huis een dienst in de kerk bijwoonde.
Bij de restauratie van 1972/76 is de stadhouderskraak zoveel als mogelijk was gereconstrueerd en op zijn oude plaats teruggezet. De balkgaten waren nog zichtbaar in de muur. De deur die het overhuifde gedeelte scheidde van de lange galerij is niet teruggekomen en er ontbreekt ook e.e.a. aan het snijwerk. Zo is b.v. in 1842 snijwerk van deze kraak gebruikt om de preekstoel te verfraaien. Ondanks alle verbouwingen is de stadhouderskraak nog steeds een vorstelijk gestoelte en één van de belangrijkste interieurstukken van de Grote of Jacobijnerkerk.
Recht tegenover de preekstoel bevond zich nóg een vorstelijk gestoelte met glasramen aan de zijkant en een schuifraam aan de voorzijde. Dit gestoelte was in 1652 vervaardigt door Douwe Jansen in opdracht van de weduwe van Ernst Casimir Sophia Hedwig van Brunswijk. Het is in 1795 verwijderd.
